東莞激光焊接機焊接過程常使用惰性氣體來保護熔池，當某些材料焊接可不計較表面氧化時則也可不考慮保護，但對大多數應用場合則常使用氦、氬、氮等氣體作保護，使工件在焊接過程中免受氧化。
氦氣不易電離（電離能量較高），可讓激光順利通過，光束能量不受阻礙地直達工件表面。這是東莞激光焊接機焊接時使用最有效的保護氣體，但價格比較貴。
氬氣比較便宜，密度較大，所以保護效果較好。但它易受高溫金屬等離子體電離，結果屏蔽了部分光束射向工件，減少了焊接的有效激光功率，也損害焊接速度與熔深。使用氬氣保護的焊件表面要比使用氦氣保護時來得光滑。
氮氣作為保護氣體最便宜，但對某些類型不銹鋼焊接時并不適用，主要是由于冶金學方面問題，如吸收，有時會在搭接區產生氣孔。
使用保護氣體的第二個作用是保護聚焦透鏡免受金屬蒸氣污染和液體熔滴的濺射。特別在東莞激光焊接機高功率焊接時，由于其噴出物變得非常有力，此時保護透鏡則更為必要。
保護氣體的第三個作用是對驅散高功率激光焊接產生的等離子屏蔽很有效。金屬蒸氣吸收激光束電離成等離子云，金屬蒸氣周圍的保護氣體也會因受熱而電離。如果等離子體存在過多，激光束在某種程度上被等離子體消耗。
等離子體作為第二種能量存在于工作表面，使得熔深變淺、焊接熔池表面變寬。通過增加電子與離子和中性原子三體碰撞來增加電子的復合速率，以降低等離子體中的電子密度。中性原子越輕，碰撞頻率越高，復合速率越高；另一方面，只有電離能高的保護氣體，才不致因氣體本身的電離而增加電子密度。
等離子體云尺寸與采用的保護氣體不同而變化，氦氣最小，氮氣次之，使用氬氣時最大。等離子體尺寸越大，熔深則越淺。造成這種差別的原因首先由于氣體分子的電離程度不同，另外也由于保護氣體不同密度引起金屬蒸氣擴散差別。
氦氣電離最小，密度最小，它能很快地驅除從金屬熔池產生的上升的金屬蒸氣。所以用氦作保護氣體，可最大程度地抑制等離子體，從而增加熔深，提高焊接速度；由于質輕而能逸出，不易造成氣孔。
當然，從實際東莞激光焊接機焊接的效果看，用氬氣保護的效果還不錯。
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